А если само приложение тоже под GPL?
Не понял вопроса. GPL не ограничивает коммерческое распространение. Она только регламентирует обязательность раскрытия исходников по запросу любого законного приобретателя продукта. Поэтому, если само приложение выпущено под GPL - никаких ограничений на порядок его сборки не накладывается.