Не, нельзя.
[offtop]
Я сам запарился с этим в процессе создания Embedded плагина в котором бы сохранялись настройки компилятора, линкера и т.п.
Сначала хотел все это сохранять в *.myproject файле, но потом понял что это тупиковая идея, много геммороя и кодинга,
потому что в QtCreator "by design" используется сохранение через USER сессии.
И я оставил эту затею и сохраняю все в *.user файле.
[/offtop]