Защитить флеш диск от копирования наличием на нём файла - думаю невозможно, без внутреннего вмешательства в его потроха.
Потому что просто сделав образ флехи на выходе получим работающую программу.
PS есть конечно вариант привязаться к устройству, поймать его идентификатор, смотреть на расположение файла и если он не на нужном носителе, удаляться. Но ломается это так же легко, как и пишется
PPS а вот перепрошить МК флехи и изъять оттуда функцию записи - вот это будет уже понадёжнее. Ещё и зашифровать каким нить хитрым способом содержимой, а МК залочить.
