Если речь о Matlab-compiler, то ничего определенного сказать не могу в виду того, что не пробовал его использовать.
Здесь
http://habrahabr.ru/post/146568/, например, написано:
[...] для компиляции этой функции в динамическую библиотеку:
- Пишем в консоли MatLab: deploytool.
- В открывшемся окне пишем имя проекта, его расположение а из выпадающего списка выбираем C Shared library и нажимаем OK. Учтите, что в Linux названия библиотек начинается со слова lib, поэтому и проект стоит называть libsum.prj
- В окне Exported Functions нажимаем на Add files и добавляем только что созданную функцию.
- Нажимаем на кнопку Build и дожидаемся окончания компиляции.
Судя по п.3 можно добавлять несколько разных функций, по крайней мере тех, что используют стандартный Runtime. А вот насчет того, чтобы создать библиотеку из кросс-зависимых функций, тут я не представляю, как поведет себя компилятор.