Можно через attach.
Есть 1.db и 2.db с одинаковыми таблицами:
CREATE TABLE [Test] (
[ID] INTEGER PRIMARY KEY ON CONFLICT ROLLBACK,
[Text] CHAR NOT NULL ON CONFLICT ROLLBACK);
Аттачим:
ATTACH DATABASE 'C:\Users\LCF\Desktop\2.db' AS 2;
Запрашиваем:
SELECT * FROM [Test] UNION ALL SELECT * FROM [2].[Test];