Смотрел вроде doxygen ничего так. Вроде и QT-классы понимает.
Кто чем пользуется для этой цели и пользуется ли вообще ?
Из безплатных Doxygen (ИМХО) лучший. Тем более что он на Qt особливо заточен (по признанию автора 8-) ).
Ну а если говорить о платных то какими-то отдельными генераторами не пользовался, они обычно идут в комплекте со средствами проектирования. Из всех испробованных мной, под виндой, однозначно, лучшим признан Enterprize Architect от Sparx Systems (
http://www.sparxsystems.com/).