Может рыть в сторону потока ?
Поток это средство для работы с текстовыми файлами, с ним может быть удобней.
Для чего затирать строку пробелами?
Цикл пока в исходном файле есть строки
Читаешь строку исходного файла
Если номер этой строки != номеру удаляемой строки
Записываем строку в результирующий файл
Конец цикла