Возможно проблема в QMainWindow, в примере он не используется.
Замена MainWindow на Dialog не решает проблему
И мне непонятно зачем в QMainWindow делать выключенным крестик?
- Хочу вынести параметры окна в конфиг, в таких случаях желательно дать пользователю конфигурировать окно всеми возможными способами