обычно это делается средствами DE. с помощью gksu и kdesu. нужно только правильно составить ярлык(файл *.desktop). можно сделать свою обёртку над su, как идёт с драйверами radeon, но тут нужно всё делать очень осторожно, чтоб не скомпрометироваться.
Самое лучшие - перебирать классические обёртки и если ничего не найдено, то запускать xterm с su. где-то видел скрипт на эту тему, но уже не помню, где...
[added]
нашёл скрипт, идёт в комплекте с zenmap
Bash
#!/bin/bash
#this code is bassed off of the debian su-to-root command
#Joost Witteveen <joostje@debian.org>
#Morten Brix Pedersen
#Bill Allombert <ballombe@debian.org>
PRIV=root
COMMAND="zenmap $@"
euid=$(id -u)
privid=$(id -u $PRIV)
if test "$euid" = "$privid"; then
$COMMAND
else
if test -z "$SU_TO_ROOT_X"; then
if which gksu >/dev/null 2>&1 ; then
SU_TO_ROOT_X=gksu
if test "X$KDE_FULL_SESSION" = "Xtrue" ; then
if which kdesu >/dev/null 2>&1 ; then
SU_TO_ROOT_X=kdesu
elif test -x /usr/lib/kde4/libexec/kdesu ; then
SU_TO_ROOT_X=kde4su
fi;
fi;
elif which kdesu >/dev/null 2>&1 ; then
SU_TO_ROOT_X=kdesu
elif test -x /usr/lib/kde4/libexec/kdesu ; then
SU_TO_ROOT_X=kde4su
elif which ktsuss >/dev/null 2>&1 ; then
SU_TO_ROOT_X=ktsuss
elif which xterm>/dev/null 2>&1 ;then
if which sudo>/dev/null 2>&1 ;then
SU_TO_ROOT_X=sdterm
else
SU_TO_ROOT_X=sterm
fi;
else
SU_TO_ROOT_X=su-to-root
fi
fi
case $SU_TO_ROOT_X in
gksu) gksu -u "$PRIV" "$COMMAND";;
kdesu) kdesu -u "$PRIV" $COMMAND;;
kde4su) /usr/lib/kde4/libexec/kdesu -u "$PRIV" $COMMAND;;
ktsuss) ktsuss -u "$PRIV" "$COMMAND";;
# As a last resort, open a new xterm use sudo/su
sdterm) xterm -e "sudo -u $PRIV $COMMAND";;
sterm) xterm -e "su -l $PRIV -c $COMMAND";;
esac;
fi
