я знаю, что там libmapacces.so!! надо писать без lib!!!
попробуй указать абсолютный путь к либе, а не относительный
На мой взгляд надо делать так :
LIBS +=-L./lib/gis -lmapacces
При этом учитывается правило для Linux, при указании библиотеки для линковки необходимо отбрасывать приставку "lib" и окончание ".so"