Проблема таже, панель убирается, но фон при этом остаётся. Можн кнечн добавить после setVisible, но это не совсем то что нужно.
Какой фон остаеться?
Насколько я понял вашу задачу у вас есть QGraphiscView растянутый на все окно, и поверх него есть ваш toolbar. Если так то не понятно что за фон у вас там остается. Или GraphicsView занимает не весе окно, а оно разделено между вьювом и тулбаром? Если так то помимо анимации тулбара добавьте анимацию geometry для GraphicsView и запустите их в вместе в QParallelAnimationGroup