Да, действительно, нехорошо получилось
Project MESSAGE: Warning unknown QT: qwt
Пока я обошел это поставив версию 5.2.2 и принудительно указав INCLUDEPATH и LIBS в файле проекта. Но это же грабли, и они сразу вылезут, когда я перейду с работой к другой машине, осбоенно если она будет под другую OS.