Makefile удали и qmake
Где искать этот Makefile и как он выглядит?
makefaile генерирует qmake и сохраняет его в текущей папке исходников, либо в отдельной поддиректории в зависимости от настроек.
Он содержит инструкции по сборке проекта. В дальнейшем make обрабатывает makefile и на выходе вы получаете бинарник.
По сути:
Либо у вас в исходниках таки где-то закрался этот инклюд, либо его пихает IDE по старым настройкам.
Возьмите
только ваши исходники и скомпилируйте их отдельно.
Точнее не скажу, пишу в QtCreator и не жалуюсь
