В мелкософте ответ вам написан, ну еще можно просто кинуть ярлык в папку автозагрузки и все.
А вот в Linux все эти действия только с правами администратора, так что если пользователь не захочет что-то добавлять то и не добавится, или писать скрипт во время установки софта
посмотреть или
этоЯ сижу на Ubuntu то-есть, допустим скачиваю ваш deb пакет, открываю его в менеджере архивов, смотрю что вы мне пытаетесь впихнуть в систему вместе со своей отвлекающей прогой и если вижу скрипт автозапуска, или даже если его нет в явную, а он прописан на создание в файлах перед или после установки, то ищу аналог такого-же софта если он мне нужен, или если это на самом деле нужное, выкидываю вашего демона из пакета, убираю все что связано с автозагрузкой и ставлю пакет уже очищенным, вот примерные действия более менее разбирающегося пользователя на Linux, а остальное все на ламера, на Linux сейчас их уже становится то-же не мало =)
----------------------------------------
P.S. Конечно не известно для чего вам это надо и что вы это пишете, но очень смахивает.... =)))
Самый опасный вирус сидит перед монитором, остальные все ерунда