Чтобы сменить иконку, создай файл file.rc с содержимым:
IDI_ICON1 ICON DISCARDABLE "icon.ico"
Помести файл и иконку в каталог с проектом и в pro-файле пропиши
Иерархия и названия файла и ресурса иконки могут быть любыми, какие понравятся.
Инсталятор можно собрать любым инструментом, например nsis.