Всякие сторонние либы лучше подключать через директории:
...
#include <boost/shared_ptr.hpp>
#include <matrix_lib/matrix.hpp>
...
Собственно, многие либы так и делаются.
еще такой вопрос появился:
а глобальные ф-ции не привязанные ни к какому классу, в отдельный файл лучше запихнуть(например functions.h)?
или для таких ф-ций тоже надо создавать хедер и файл реализации(например functions.h и functions.cpp)?
Файл реализации создается для достаточно больших функций. Также в файле реализации могут скрываться зависимости.
Файлы в нижнем регистре без подчеркиваний, имхо, хреново читается
openeditorsmanager.h (из сорцов QtCreator).