1. Самый простой и понятный вариант - QLineEdit, в котором указываются номера соответствующих элементов первого списка.
2. D'n'd, как предложил aleksey.snake, тоже неплохо: слева делаешь табличку с 2мя столбцами, в первом - список, второй пустой. И из списка справа перетаскиваешь элементы второго списка во второй столбец. Этот вариант реализовать сложней, но он удобней, так как большинство людей - "мышатники". И первый вариант :выбор нужного поля, поиск в первом списке необходимого номера, поиск на клавиатуре нужной кнопки (даже на NumPad) - будет долго и утомительно для среднего пользователя.
3.Ваш вариант тоже неплохой. Но переопределять чекбоксы и прочее лишние телодвижения. Лучше уж QLineEdit только для чтения и по щелчку ЛКМ увеличивать номер вариант на 1, а по правой - уменьшать/отчищать.
Если элементы второго списка - 2-3 слова, то, думаю, D'n'd будет гармонично вписываться. А если это абзац текста, то таскать его не очень красиво и может получится не очень читабельно и тогда советую вариант 3.
Для вариантов 1 и 3 еще проверку повторов выбора надо организовывать, сложного ничего, но главное - не забыть.
P.s:что-то я разошелся, аж самому страшно читать.
