Ну обязательная последовательность сборки проектов примерно: shiboken, apiextractor, generatorrunner, pysideqt, pysidetools. Необходимо в каждой папке сделать
cmake . -G "MinGW Makefiles"
mingw32-make
mingw32-make install
После инсталляции каждого проекта, нужно все файлы %PROGRAMFILES%/pyside*/share/cmake/ переместить в %PROGRAMFILES%/pyside*/. Тем самым cmake будет находить свои модули под windows. Эх, надо бы им рассказать, да проект этот опасный.