Как установить разные диапазоны разобрался, но появилать проблема:
Взял examples/simple_plot,
в конструкторе дописал следующее
setAxisScale( QwtPlot::yLeft, -1.0, 1.0 );
QwtPlotScaleItem * scale1 = new QwtPlotScaleItem( QwtScaleDraw::RightScale );
scale1->setBorderDistance( 30 );
scale1->setScaleDiv( axisScaleEngine( QwtPlot::yLeft)->divideScale(-1.0, 1.0, 5, 5) );
scale1->attach( this );
Шкалы немного не совпадают.