пока решил проблему так - сделал бат, в котором перед билдом хелпа косится кэш
pushd %USERPROFILE%\Local Settings\Application Data\Trolltech\Assistant
del file.qhc
@echo y | rmdir /s /q .file
popd
qhelpgenerator file.qhp -o file.qch
qcollectiongenerator file.qhcp -o file.qhc
и проблема с посмотреть актуальный хелп при запуске асистента отпала.
Осталось для себя решить: надо ли косить из проги кэш перед запуском хелпа в боевом режиме, или принять для себя, что у юзера прога будет жить в одном месте и там не возникнет необходимости в периодическом выкашивании кэша асистента.