постаивл на обе машины Qt4.4.3 из одного репазитория. Отображение системных шрифтов стало практически одинаково. Проверил в QLineEdit: вбил строку около 30 символов и разница ширины получилась примерно в 1 пиксель. Но QGraphicsTextItem, в этом "коробочном" qt4.4.3, на сцене по прежнему разьезжается как на рисунках выше.
fontconfig то может быть один, а настроен по-разному, diff по /etc/fonts/** ~/.fonts.conf надо смотреть
файла ~/.fonts.conf на компах нет. файл etc/fonts/fonts.conf сверил на 2-х компах - одинаковы, строчка в строчку.
Вполне возможно что стоит разный ДПИ.
Что такое ДПИ?