Установил Qt 4.6 Open Source for Visual Studio 2008, с оффициального сайта. Как в дизайнере, так и в любых собранных мною программах, чекбоксы выглядят неправильно: галка почему-то в левом углу квадрата. Пересобрал библиотеку, не помогло.
Методом тыка выяснил, что этот баг проявляется при установке в свойствах экрана особых параметров системного шрифта (больше чем крупный). В 4.5 все было нормально, как с этим бороться?