НАсколько я понял, тебе нужно два варианта компиляции qt - 32 и 64. Просто для 32 приложений ты используешь qt скомпилённое 32-х битным компилятором, а для 64 приложений соответственно qt скомпилённое 64-х битным компилятором
+1
Нужно иметь две сборки Qt под каждый компилятор (х32, х64)