Как я понял, у топикстартера первый диалог запускает долгую операцию, которая рисуется во втором диалоге. В целом, то же самое, на той же макоси такое встречается повсеместно.
В противном случае, не понимаю, почему действительно нельзя похайдить диалог.
Первый диалог толкает модуль, который запускает Процессъ. Но перед этим этот же модуль показывает QProgressDialog. И вот Процессъ работает (в принципе обычно тихо), но иногда не знает, что ему делать.
И показывает диалог с вопросом - а именно QMessageBox. Но он вылазит либо позади QProgressDialog, либо прячет его полностью. В общем и некрасиво, и нетехнично... Диалоги то по умолчанию по центру экрана вылезают, а если там уже что-то есть?