системой контроля версиями хоть пользуетесь? например, через git bisect можно было бы достаточно быстро найти проблему.
Из-за большого проекта и изрядной его завязанности на железе, разрабатываемом параллельно, разные компоненты изначально собирались отдельно в тестовых проектах, а когда всё начали объединять в общий проект, тут-то оно и грохнулось (потому что в тестовом проекте цепочка к этому хэдеру оказалась в удачном месте и ничего не падало), так что и система контроля версий не помогла.