Ну так и писали бы сразу. Чтобы работало автодополнение в .pro файле нужно указать все директории через INCLUDEPATH. Попробуйте добавить в pro файл такое (сам не тестировал)
export CPLUS_INCLUDE_PATH
INC= $(CPLUS_INCLUDE_PATH)
INCLUDEPATH += INC
Так я и написал же, что смысл всего этого, чтобы не писать одно и тоже в каждый .pro.