QMAKE_PRE_LINK может быть станет выходом? Из него запускать cmake сборку
Если интересно реализовано так:
system - запускаю просто cmake, в итоге cmake отрабатывает на этапе qmake-а
А далее дописал таргеты для сборки makefile-ов которые нагенерил cmake