Создал тестовое приложение с QTableWidget и QPushButton, которая при нажатии вызывает setRowCount(0).
Всё работает как без выделения ячейки, так и с выделением.
Подозрение, что Вы, например, где-нибудь используете выбранный QTableWidgetItem, которого после удаления уже нет.
В дебаге посмотреть на какой строчке валится приложение
Ну или минимальный нерабочий пример в студию