По идее перед сборкой надо запустить скрипт vcvarsall.bat с целевой платформой в качестве параметра.
У меня нет VS2013, но для VS2012 надо выполнить что-то типа такого:
"c:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 11.0\VC\vcvarsall.bat" arm
Есть еще x86_arm
Вроде бы "VS2013 x86 Native tools command prompt" решает ту же задачу по инициализации необходимых переменных. В мануале по сборке Qt под WinRT указано, что надо выбирать именно x86 т.к. идет сборка qmake и остальных утилит для кросскомпиляции.
Пока проблему не победил. Написал в багтрекер -
https://bugreports.qt-project.org/browse/QTBUG-37712Также сборка фейлится при конфигурировании под x86/64 архитектуры (winrt-x86-msvc2013, winrt-x64-msvc2013)