Так вот, вопрос, мне обазятельно в pro файле проекта указывать в директиве -L путь /usr/local/lib/mycompany/target/lib
Не нужно, потому что -L задаёт пути поиска при
линковке. А загрузчик готового бинарника ищет библиотеки по заранее заданным в системе путям, и т.к. ты задаёшь свой путь в ld.so.conf, то он спокойно найдёт библиотеку по твоему пути. Единственное, что структура каталогов у тебя нестандартная. Такую структуру как ты хочешь обычно помещают в /opt:
/opt/mycompany/target/bin/
/opt/mycompany/target/lib/
/opt/mycompany/target/share/
...