уточните, что вы хотите сравнить - файлы или содержимое документа? если содержимое документа - то с учетом форматирования или без него?
Нужно проверить, что после изменения файла на дельту, он изменился ровно на эту дельту и никак иначе. Поэтому подойдет сравнение содержимого.
Что быстрее и проще в реализации?