в свойствах проекта сними галочку с "запускать в консоли"
А где это?
И еще вопрос, это поможет, если я работаю с консольными приложениями(т.е. я создавал консольное приложение).
В Настройки->Среда->Терминал стоит терминал
xterm -e. Может возможно поставить другой?