использовать subdirs
например главный файл AllProject.pro
TEMPLATE = subdirs
CONFIG += ordered
SUBDIRS += SharedLib_1 \
SharedLib_2 \
App_1 \
App_2
В директории где лежит файл AllProject.pro должны присутствовать поддиректории
SharedLib_1
SharedLib_2
App_1
App_2
внутри каждой из которых уже будет свой pro файл с именем как директория
SharedLib_1/SharedLib_1.pro
SharedLib_2/SharedLib_2.pro
App_1/App_1.pro
App_2/App_2.pro
эти pro-шники тоже могут быть subdirs или либами или программами