можно для этого использовать sticky-bit (или как его там). В этом случае, программа будет запускаться от имени того пользователя, который является ее владельцем (т.е. если владелец root:users, то при запуске будет сосздан процесс с правами рута - так работает su, sudo и аналоги).
Ты имеешь ввиду, если прога стоит с правами на запуск для всех и принадлежит руту, то процесс запускается от рута? А ты сам пробовал?