ntohs присутствует на всех платформах, различаются только хидеры - пол виндой это Winsock2.h, а под линухом - <netinet/in.h>, т.е. можешь написать:
#ifdef Q_WS_WIN
#include <winsock2.h>
#endif
#ifdef Q_WS_X11
#include <netinet/in.h>
#endif
и спокойно юзать ntohs