в винде можно переименовать файл плагина (даже если он используется)
супер хак какой-то... хотя если будет работать может можно и использовать
я у себя в одном проекте делал так что запуск шел по батнику который автоматом тянет последнюю версию с сервака проверяя не попыткой загрузки DLL а сверяя по дате, в конце скрипта когда загружены все актуальные DLL стоял запуск самой программы. Если использовать rsync под linux скорость обновления будет большая.