Есть у меня инициализированный с помощью organization и application QSettings, как у него узнать в какую директорию будет писать мой конфиг?
А зачем?
Если Вы хотите сделать один конфиг для программы - то сами придумайте файл конфига и путь куда его сохранять/читать.
В *.nix - это обычно /etc, в Win - можно использовать путь ../Program Files/<Ваша программулина>/
Но, ИМХО, это "не айс", т.к. сразу отсекает возможность конфигурирования программы от обычного пользователя + нет возможности для каждого пользователя иметь свои настройки, поэтому, я бы не заморачивался по этому поводу.
А по умолчанию QSettings пишет конфиги в *.nix - /home/User/<Ваша программка> , в Win - /Documents and settings/User/Application Data/<Ваша программка> (если не ошибаюсь)
PS: все-же описано в ассистенте