Столкнувшись ещё раз с этой проблемой на другой системе, решил всё-таки разобраться почему эти библиотеки не видны. Библиотеки -lfreetype -lgobject-2.0 были установлены, но с другими именами. Поэтому проблему с ними удалось решить путём создания ссылок:
ln -s /usr/lib/libfreetype.so.6.3.17 /usr/lib/libfreetype.so
ln -s /usr/lib/python2.5/site-packages/gtk-2.0/gobject/_gobject.so /usr/lib/libgobject-2.0.so
Но далее Qt Creator не смог найти -lSM и мне это сделать также не удалось, поэтому пришлось доустанавливать libqt4-devel который потянул за собой более 100 пакетов.
Всё-таки это выглядит не правильно на мой взгляд. Creator для Windows по объёму меньше, но не требует дополнительных библиотек. Может кто-нибудь разобрался как его можно донастроить в линуксе, чтоб не доустанавливать библиотеки?