Возможна ли сборка проекта в студии таким образом, что бы генерировались все файлы, необходимые для сборки иным компилятором?
Студия здесь совершенно не причем. Для этого нужно создать файл проекта (*.pro). Чтобы создать проект нужно выполнить qmake -project. Подробности читаем в ассистанте -
Running qmakeВобщето "конвертация" присходит в таком направлении:
*.pro -> Makefile
*.pro -> *.vcproj
Про обратную конвертацию никогда не слыхал О_о