Что за идентификатор? Где он устанавливается? Какое значение ему надо задавать?
Не помню уже тонкости, но ты можешь задать свой AndroidManifest.xml для проекта. В нём прописывается уникальный идентификатор в java формате, например org.tools.myapp. Если ты не указываешь свой AndroidManifest.xml, то qmake вероятно создаёт свой какой-то шаблонный. Вероятно он-то и одинаковый для всех твоих проектов и содержит один и тот же идентификатор.
Пример AndroidManifest.xml:
XML
<?xml version="1.0"?>
<manifest package="org.tools.myapp" xmlns:android=.......