В документации не написано, что нельзя вызывать этот метод два раза с одним аргументом.
Но вы можете попробовать это сделать в тестовой программе, просто чтобы проверить.
В тестовой программе всё хорошо, но вдруг какие то подводные камни есть? Та же самая тестовая программа при вызове
qRegisterMetaType несколько раз с одинаковыми параметрами на выходе один и тот же id возвращает, так что думаю что всё ок должно быть, но мало ли