Решение в лоб - не переименовывать файлы, добавляя .bak, а перемещать их в папку backup, с сохранение структуры или без, это уже на любителя.
собственно, подобные варианты (перемещения, сложные переименования) и подразумевались под манипуляциями с файлом плагина = ) это, в общем-то, не проблема. интересуют другие пути, если они есть.