Прям из проекта )))
[Run]
Filename: "{sys}\regsvr32.exe"; Parameters: "/s ""{app}\jcmext.dll"""; Check: "not IsWin64";
Filename: "{sys}\regsvr32.exe"; Parameters: "/s ""{app}\jcmext x64.dll"""; Check: IsWin64;
так же в зависимости от конфигурации 32 или 64 разные параметры запускает