Разбираясь с этой проблемой (уже на Debian) в консоли увидел следующее:
ERROR: NPAPI ERROR: No GTK2 support in this browser! Have version 0
** (MyApp:17491): DEBUG: NP_Initialize
** (MyApp:17491): DEBUG: NP_Initialize succeeded
** (MyApp:17491): DEBUG: NP_Initialize
** (MyApp:17491): DEBUG: NP_Initialize succeeded
** (MyApp:17491): DEBUG: NP_Initialize
** (MyApp:17491): DEBUG: NP_Initialize succeeded
** (MyApp:17491): DEBUG: NP_Initialize
** (MyApp:17491): DEBUG: NP_Initialize succeeded
При этом версия, которая была собрана локально в через SDK работает нормально, НО, при этом WebKit у нее другой и имеет зависимость от phonon, а та что с репозитория не имела такой зависимости.