сделайте два .pro файла в которых опишите две ваших программы
общую часть можете вынести в pri файл и включить в pro через include(file.pri)
чтобы все объединить все в одно целое сделайте еще один pro верхнего уровня вида
TEMPLATE = subdirs
CONFIG += ordered
SUBDIRS += \
Proj1 \
Proj2