У меня такая же ситуация - но все работает. В либах ресурсы лежат в *.qrc файлах (используются только *.png).
В инициализации либ указываю Q_INIT_RESOURCE(<имя qrc файла>) и все работает на "ура"
PS: кстати, *.gif пробовал ложить в ресурсы - в линухах работает, а в виндах - нет. Разбираться не стал, может кто знает причину сего явления?